Bioinformática - Historial de revisiones

Odalis jc.stgo: /* Años 90 */

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‎Años 90

Odalis jc.stgo: /* Años 80 */

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‎Años 80

Odalis jc.stgo: /* Las primeras décadas: años 60 y 70 del siglo XX */

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‎Las primeras décadas: años 60 y 70 del siglo XX

Carmen trad idict: /* Las primeras décadas: años 60 y 70 del siglo XX */

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‎Las primeras décadas: años 60 y 70 del siglo XX

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Matanzas5 jc: /* Fuente */

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‎Fuente

Maria ciget.cienfuegos: /* Historia */

2011-07-20T14:10:07Z

‎Historia

Maria ciget.cienfuegos: /* Concepto */

2011-07-20T14:09:08Z

‎Concepto

Liudmila ciget.camaguey: /* Importancia de la bioinformática */

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‎Importancia de la bioinformática

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 *Científicos: en [[1991]] comienza la secuenciación con EST (Expressed Sequence Tags, marcaje de secuencias expresadas); al año siguiente es publicado el mapa de ligamiento genético (en baja resolución) del genoma humano completo; en [[1995]] se consigue secuenciar completamente los primeros genomas de bacterias (Haemophilus influenzae, Mycoplasma genitalium, de 1,8 millones de pares de bases -Mbps- y 0,58 Mbps, respectivamente); en [[1996]], y en diferentes pasos (por cromosoma), se hace lo propio con el primer genoma eucariota, el de la levadura (Saccharomyces cerevisiae, con 12 Mbps), así como en [[1997]] con el genoma de Escherichia coli (4,7 Mbps), en [[1998]] con el primer genoma de un organismo multicelular (97 Mbp del [[Caenorhabditis elegans]]), para terminar la década con el primer cromosoma humano (el 22) completamente secuenciado en [[1999]] (33,4 Mbps).
-*Bioinformáticos: búsqueda rápida de similitudes entre secuencias con BLAST (1990); base de datos de huellas de proteínas PRINTS, de Attwood y Beck ([[1994]]); ClustalW, orientado al alineamiento múltiple de secuencias, en [[1994]], y PSI-BLAST en [[1997]]; a finales de la década se desarrolla [[T-Coffee]], que se publica en [[2000]]. Por lo que se refiere a actividades institucionales y nuevos organismos, tenemos la presentación por parte del DoE y NIH al Congreso de los EE.UU., en [[1990]], de un plan de esfuerzos conjuntos en el [[Human Genome Project]] para cinco años; se crean el Sanger Centre (Hinxton, UK, 1993; ahora Sanger Institute) y el European Bioinformatics Institute (EBI, Hinxton, UK, [[1992-1995]]).
+*Bioinformáticos: búsqueda rápida de similitudes entre secuencias con BLAST (1990); base de datos de huellas de proteínas PRINTS, de Attwood y Beck ([[1994]]); ClustalW, orientado al alineamiento múltiple de secuencias, en [[1994]], y PSI-BLAST en [[1997]]; a finales de la década se desarrolla [[T-Coffee]], que se publica en [[2000]]. Por lo que se refiere a actividades institucionales y nuevos organismos, tenemos la presentación por parte del DoE y NIH al Congreso de los EE.UU., en [[1990]], de un plan de esfuerzos conjuntos en el [[Human Genome Project]] para cinco años; se crean el Sanger Centre (Hinxton, UK, 1993; ahora Sanger Institute) y el European Bioinformatics Institute (EBI, Hinxton, UK, [[1992]]-[[1995]]).
 *Tecnológicos: Tim Berners-Lee inventa la World Wide Web  (1990)  mediante aplicación de protocolos de red que explotan las características del hipertexto;  en [[1991]]  aparecen los protocolos definitivos de [[Internet]] (CERN) y la primera  versión del [[sistema operativo Linux]], muy utilizado posteriormente en aplicaciones  científicas; en [[1998]]  Craig Venter  funda Celera,  compañía que perfeccionará la secuenciación por perdigonada de F. Sanger y analizará los resultados con  [[software]] propio.
 === Primeros años del siglo XXI ===

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 === Años 80 ===
 En la década de los 80 se asiste, en diversas áreas, a importantes avances:
-Científicos: tras la secuenciación del fago Φ-X174 a finales de la década de los 70, en [[1982]] F. Sanger consigue la secuenciación del genoma del fago λ (fago lambda) utilizando una nueva técnica, la secuenciación shotgun (secuenciación por perdigonada), desarrollada por él mismo; también entre [[1981]] y [[1982]] [[K. Wüthrich]] publica el método de utilización de la RMN ([[Resonancia magnética nuclear]]) para determinar estructuras de proteínas; Ford Doolittle trabaja con el concepto de secuencia motivo (similitudes supervivientes, según las denomina en el resumen de su artículo) en [[1981]]; el descubrimiento en [[1983]] de la PCR (Polymerase Chain Reaction, reacción en cadena de la polimerasa) lleva a la multiplicación de muestras de ADN, lo que permitirá su análisis; en [[1987]], D. T. Burke et al, describen el uso de cromosomas artificiales de levadura (YAC, Yeast Artificial Chromosome), y Kulesh et al. sientan las bases de los chips de [[ADN]].
+Científicos: tras la secuenciación del fago Φ-X174 a finales de la década de los 70, en [[1982]] F. Sanger consigue la secuenciación del genoma del fago λ (fago lambda) utilizando una nueva técnica, la secuenciación shotgun (secuenciación por perdigonada), desarrollada por él mismo; también entre [[1981]] y [[1982]] [[Kurt Wüthrich|K. Wüthrich]] publica el método de utilización de la RMN ([[Resonancia magnética nuclear]]) para determinar estructuras de proteínas; Ford Doolittle trabaja con el concepto de secuencia motivo (similitudes supervivientes, según las denomina en el resumen de su artículo) en [[1981]]; el descubrimiento en [[1983]] de la PCR (Polymerase Chain Reaction, reacción en cadena de la polimerasa) lleva a la multiplicación de muestras de ADN, lo que permitirá su análisis; en [[1987]], D. T. Burke et al, describen el uso de cromosomas artificiales de levadura (YAC, Yeast Artificial Chromosome), y Kulesh et al. sientan las bases de los chips de [[ADN]].
 *Bioinformáticos: por lo que se refiere al desarrollo de algoritmos, métodos y programas, aparece el algoritmo Smith-Waterman ([[1981]]), el algoritmo de búsqueda en bases de datos de secuencias (Wilbur-Lipman, [[1983]]), FASTP/FASTN (búsqueda rápida de similitudes entre secuencias, [[1985]]), el algoritmo FASTA para comparación de secuencias (Pearson y Lipman, [[1988]]), y comienzan a utilizarse modelos ocultos de Márkov para analizar patrones y composición de las secuencias (Churchill, [[1989]]), lo que permitirá más adelante localizar genes y predecir estructuras protéicas; aparecen importantes bases de datos biológicas (GenBank en [[1982]], Swiss-Prot en [[1986]]), redes que las interconectan (EMBnet en [[1988]]), y se potencian o se crean diferentes organismos e instituciones (EMBL se constituye en [[1974]] pero se desarrolla durante la década de los 80, NCBI en [[1988]]); también en estos años empieza a estudiarse la viabilidad de la Human Genome Initiative (First Santa Fe Conference, [[1985]]), que será anunciada  un año después por el DoE (Department of Energy, departamento de energía del gobierno de  los EE.UU.) y que pondrá en marcha proyectos piloto para desarrollar recursos  y tecnologías críticas; en [[1987]] el NIH  (National Institutes of Health,  institutos nacionales de la salud de EE.UU.) comienza aportar fondos a  proyectos genoma, mientras que en 1988 arranca la Human Genome Initiative, más conocida finalmente  como Human Genome Project (Proyecto Genoma Humano).
 *Tecnológicos: [[1983]] verá la aparición del estándar Compact Disc (CD) en su versión para ser leído por un ordenador (Yellow Book); [[Jon Postel]] y [[Paul Mockapetris]] desarrollan en [[1984]] el sistema de nombres de dominio DNS, necesario para un direccionamiento correcto y ágil en Internet; en [[1987]] Larry Wall desarrolla el lenguaje de [[programación PERL]], de amplio uso posterior en bioinformática; y a finales de la década se verán las primeras compañías privadas importantes con actividades vinculadas al genoma, [[proteínas]], [[bioquímica]], etc. (Genetics Computer Group – GCG, Oxford Molecular Group, Ltd.), y que, en general, experimentarán importantes transformaciones años más tarde.
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 === Años 90 ===
 En los años 90 asistimos a los siguientes eventos:

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 === Las primeras décadas: años 60 y 70 del siglo XX ===
-En los años 60, L. Pauling elabora su teoría sobre evolución molecular ([[1962]]) y [[Margaret Dayhoff]], una de las pioneras de la bioinformática, publica el primero de los Atlas of Protein Sequences ([[1965]]), que tendrá continuidad en años posteriores, se convertirá en una obra básica en el desarrollo estadístico, algunos años más tarde, de las matrices de sustitución PAM, y será precursor de las actuales bases de datos de proteínas. En el área de la tecnología de computadores, se presentan en el ARPA (Advanced Research Projects Agency, agencia de proyectos de investigación avanzados) los protocolos de conmutación de paquetes de datos sobre redes de ordenadores ([[1968]]), que permitirán enlazar poco después varios ordenadores de diferentes universidades en EE.UU, había nacido ARPANET ([[1969]]), embrión de lo que posteriormente sería [[Internet]].
+En los años 60, L. Pauling elabora su teoría sobre evolución molecular ([[1962]]) y [[Margaret Oakley Dayhoff|Margaret Dayhoff]], una de las pioneras de la bioinformática, publica el primero de los Atlas of Protein Sequences ([[1965]]), que tendrá continuidad en años posteriores, se convertirá en una obra básica en el desarrollo estadístico, algunos años más tarde, de las matrices de sustitución PAM, y será precursor de las actuales bases de datos de proteínas. En el área de la tecnología de computadores, se presentan en el ARPA (Advanced Research Projects Agency, agencia de proyectos de investigación avanzados) los protocolos de conmutación de paquetes de datos sobre redes de ordenadores ([[1968]]), que permitirán enlazar poco después varios ordenadores de diferentes universidades en EE.UU, había nacido ARPANET ([[1969]]), embrión de lo que posteriormente sería [[Internet]].
 En [[1970]] se publica el algoritmo Needleman-Wunsch para alineamiento de secuencias, se establece el Brookhaven Protein Data Bank ([[1971]]), se crea la primera molécula de ADN recombinante (Paul Berg, [[1972]]), E. M. Southern desarrolla la técnica [[Southern blot]] de localización de secuencias específicas de ADN ([[1976]]) comienza la secuenciación de ADN y el desarrollo de software para analizarlo (F. Sanger, software de R. Staden, 1977), y se publica en [[1978]] la primera secuencia de genes completa de un organismo, el fagoΦ-X174 (5.386 pares de bases que codifican 9 proteínas).

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 En los años 60, L. Pauling elabora su teoría sobre evolución molecular ([[1962]]) y [[Margaret Dayhoff]], una de las pioneras de la bioinformática, publica el primero de los Atlas of Protein Sequences ([[1965]]), que tendrá continuidad en años posteriores, se convertirá en una obra básica en el desarrollo estadístico, algunos años más tarde, de las matrices de sustitución PAM, y será precursor de las actuales bases de datos de proteínas. En el área de la tecnología de computadores, se presentan en el ARPA (Advanced Research Projects Agency, agencia de proyectos de investigación avanzados) los protocolos de conmutación de paquetes de datos sobre redes de ordenadores ([[1968]]), que permitirán enlazar poco después varios ordenadores de diferentes universidades en EE.UU, había nacido ARPANET ([[1969]]), embrión de lo que posteriormente sería [[Internet]].
-En [[1970]] se publica el algoritmo Needleman-Wunsch para alineamiento de secuencias, se establece el Brookhaven Protein Data Bank ([[1971]]), se crea la primera molécula de ADN recombinante (Paul Berg, [[1972]]), E. M. Southern desarrolla la técnica Southern blot de localización de secuencias específicas de ADN ([[1976]]) comienza la secuenciación de ADN y el desarrollo de software para analizarlo (F. Sanger, software de R. Staden, 1977), y se publica en [[1978]] la primera secuencia de genes completa de un organismo, el fagoΦ-X174 (5.386 pares de bases que codifican 9 proteínas).
+En [[1970]] se publica el algoritmo Needleman-Wunsch para alineamiento de secuencias, se establece el Brookhaven Protein Data Bank ([[1971]]), se crea la primera molécula de ADN recombinante (Paul Berg, [[1972]]), E. M. Southern desarrolla la técnica [[Southern blot]] de localización de secuencias específicas de ADN ([[1976]]) comienza la secuenciación de ADN y el desarrollo de software para analizarlo (F. Sanger, software de R. Staden, 1977), y se publica en [[1978]] la primera secuencia de genes completa de un organismo, el fagoΦ-X174 (5.386 pares de bases que codifican 9 proteínas).
 En ámbitos tecnológicos vinculados, en estos años se asiste al nacimiento del correo electrónico (Ray Tomlinson, BBN, [[1971]]) al desarrollo de [[Ethernet]] (protocolo de comunicaciones que facilitará la interconexión de ordenadores, principalmente en redes de ámbito local) por [[Robert Metcalfe]] ([[1973]]) y al desarrollo del protocolo TCP (Transmission Control Protocol, protocolo de control de transmisión) por [[Vinton Cerf]] y [[Robert Kahn]] ([[1974]]), uno de los protocolos básicos para Internet.
 === Años 80 ===

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 En los años 90 asistimos a los siguientes eventos:
-*Científicos: en [[1991]] comienza la secuenciación con EST (Expressed Sequence Tags, marcaje de secuencias expresadas); al año siguiente es publicado el mapa de ligamiento genético (en baja resolución) del genoma humano completo; en [[1995]] se consigue secuenciar completamente los primeros genomas de bacterias (Haemophilus influenzae, Mycoplasma genitalium, de 1,8 millones de pares de bases -Mbps- y 0,58 Mbps, respectivamente); en [[1996]], y en diferentes pasos (por cromosoma), se hace lo propio con el primer genoma eucariota, el de la levadura (Saccharomyces cerevisiae, con 12 Mbps), así como en [[1997]] con el genoma de Escherichia coli (4,7 Mbps), en [[1998]] con el primer genoma de un organismo multicelular (97 Mbp del Caenorhabditis elegans), para terminar la década con el primer cromosoma humano (el 22) completamente secuenciado en [[1999]] (33,4 Mbps).
+*Científicos: en [[1991]] comienza la secuenciación con EST (Expressed Sequence Tags, marcaje de secuencias expresadas); al año siguiente es publicado el mapa de ligamiento genético (en baja resolución) del genoma humano completo; en [[1995]] se consigue secuenciar completamente los primeros genomas de bacterias (Haemophilus influenzae, Mycoplasma genitalium, de 1,8 millones de pares de bases -Mbps- y 0,58 Mbps, respectivamente); en [[1996]], y en diferentes pasos (por cromosoma), se hace lo propio con el primer genoma eucariota, el de la levadura (Saccharomyces cerevisiae, con 12 Mbps), así como en [[1997]] con el genoma de Escherichia coli (4,7 Mbps), en [[1998]] con el primer genoma de un organismo multicelular (97 Mbp del [[Caenorhabditis elegans]]), para terminar la década con el primer cromosoma humano (el 22) completamente secuenciado en [[1999]] (33,4 Mbps).
 *Bioinformáticos: búsqueda rápida de similitudes entre secuencias con BLAST (1990); base de datos de huellas de proteínas PRINTS, de Attwood y Beck ([[1994]]); ClustalW, orientado al alineamiento múltiple de secuencias, en [[1994]], y PSI-BLAST en [[1997]]; a finales de la década se desarrolla [[T-Coffee]], que se publica en [[2000]]. Por lo que se refiere a actividades institucionales y nuevos organismos, tenemos la presentación por parte del DoE y NIH al Congreso de los EE.UU., en [[1990]], de un plan de esfuerzos conjuntos en el [[Human Genome Project]] para cinco años; se crean el Sanger Centre (Hinxton, UK, 1993; ahora Sanger Institute) y el European Bioinformatics Institute (EBI, Hinxton, UK, [[1992-1995]]).

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 |campo a que pertenece=[[Biología]]
 |principales exponentes=Disciplina científica emergente que utiliza tecnología de la información para organizar, analizar y distribuir información biológica
-}}<div align="justify">'''Bioinformática'''. Se centra en el desarrollo de herramientas prácticas para la gestión de datos y el análisis (por ejemplo, la presentación de información genómica y análisis secuencial), pero con menor énfasis en la eficiencia y en la precisión.
+}}'''Bioinformática'''. Se centra en el desarrollo de herramientas prácticas para la gestión de datos y el análisis (por ejemplo, la presentación de información genómica y análisis secuencial), pero con menor énfasis en la eficiencia y en la precisión.
 == Concepto ==

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 *Acoplamiento proteína-proteína
-== Fuente ==
+== Fuentes ==
 *[http://www.ugr.es Universidad de Granada]
 *[http://www.ideal.es/waste/genomabiochip.htm Genoma humano]
 *[http://es.wikipedia.org/wiki/Bioinformática Wikipedia]
 *[http://www.monografias.com/trabajos14/bioinforma/ Bioinforma. Monografías]
+  [[Category:Bioinformática]][[Category:Acoplamiento proteína-proteína]]

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 La biocomputación ha sido la base para ayudar en las grandes investigaciones sobre la vida; el diagnóstico genético por ejemplo tiene mucha influencia en la vida de todas las personas pero la mayoría de la gente no está enterada de ello.
-La tecnología proporciona un elemento teórico y proporciona a las herramientas prácticas, para que los científicos puedan explorar las proteínas y el [[ADN|DNA]]. Esas son las [[moléculas]] grandes que consisten en un encadenamiento de residuos más pequeños llamados los [[nucleótidos]] o los [[aminoácidos]], respectivamente.
+La tecnología proporciona un elemento teórico y proporciona a las herramientas prácticas, para que los científicos puedan explorar las proteínas y el [[ADN|DNA]]. Esas son las [[moléculas]] grandes que consisten en un encadenamiento de residuos más pequeños llamados los [[nucleótidos]] o los [[aminoácido|aminoácidos]], respectivamente.
 Son bloques de edificio de la [[naturaleza]], pero estos bloques de edificio no se utilizan exactamente como los [[Ladrillo|ladrillos]], la función de la molécula final depende fuertemente del orden de estos bloques. La estructura (tridimensional) 3D de una proteína depende de la secuencia individual de estos residuos numerados. El orden de aminoácidos de una proteína dada se deriva del DNA correspondiente. Este pedazo de DNA consiste en una secuencia ordenada de nucleótidos.

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 El desarrollo de este tipo de base de datos no solamente significaba el diseño de la misma sino también el desarrollo de interfaces complejas donde los investigadores pudieran acceder los datos existentes y suministrar o revisar datos.
-Luego toda esa información debía ser combinada para formar una idea lógica de las actividades celulares normales, de tal manera que los investigadores pudieran estudiar cómo estas actividades se veían alteradas en estados de una enfermedad. De allí viene el surgimiento del campo de la bioinformática y ahora el campo más popular es el análisis e interpretación de varios tipos de datos, incluyendo secuencias de [[nucleótidos]] y [[aminoácidos]], dominios de [[proteínas]] y estructura de proteínas.
+Luego toda esa información debía ser combinada para formar una idea lógica de las actividades celulares normales, de tal manera que los investigadores pudieran estudiar cómo estas actividades se veían alteradas en estados de una enfermedad. De allí viene el surgimiento del campo de la bioinformática y ahora el campo más popular es el análisis e interpretación de varios tipos de datos, incluyendo secuencias de [[nucleótidos]] y [[aminoácido|aminoácidos]], dominios de [[proteínas]] y estructura de proteínas.
 == Otras disciplinas ==

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 Integración es la palabra clave para entender la importancia de la bioinformática, ya que a través de herramientas y utilizando la información ya depositada en bases de datos alrededor del mundo estamos comenzando a descubrir relaciones no triviales escondidas en el código de la vida.
-La bioinformática ha empezado a ocupar un papel central como "la pega" que une a diversas áreas de la ciencia tales como [[enzimología]], [[genética]], [[biología estructural]], [[medicina]], [[morfología]], y [[ecología]] entre muchos otros. La pregunta crítica es ¿cómo conseguir las relaciones importantes entre tanta información? esta pregunta y muchos otros problemas biológicos están siendo respondidos a través de la bioinformática, uniendo o relacionando toda la información que esta depositada en las bases de datos a través sus asociaciones con los [[genes]]. Como un ejemplo práctico de lo anterior, NCBI, el [[centro de bioinformática del NIH]], reciben y procesan en su sitio Web alrededor de 3 millones de requisiciones al día provenientes de investigadores ubicados alrededor del mundo.
+La bioinformática ha empezado a ocupar un papel central como "la pega" que une a diversas áreas de la ciencia tales como [[Enzimas|enzimología]], [[genética]], [[biología estructural]], [[medicina]], [[morfología]], y [[ecología]] entre muchos otros. La pregunta crítica es ¿cómo conseguir las relaciones importantes entre tanta información? esta pregunta y muchos otros problemas biológicos están siendo respondidos a través de la bioinformática, uniendo o relacionando toda la información que esta depositada en las bases de datos a través sus asociaciones con los [[Gen|genes]]. Como un ejemplo práctico de lo anterior, NCBI, el centro de bioinformática del NIH, reciben y procesan en su sitio Web alrededor de 3 millones de requisiciones al día provenientes de investigadores ubicados alrededor del mundo.
 == Áreas de investigación ==