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El 9 de marzo de 1981 aparece como fecha oficial de creación de la Facultad de Ciencias y Tecnologías Nucleares (FCTN) por resolución del rector de la Universidad de La Habana. En el año 1994 con la creación del Ministerio de Ciencia, Tecnología y Medio Ambiente el ISCTN, pasa a subordinación directa de este ministerio y el 23 de septiembre de 2011, adscribe el InSTEC al Ministerio de Educación Superior.
El Instituto Superior de Tecnologías y Ciencias Aplicadas se ha desarrollado como una de las instituciones más prestigiosas de nuestro país, en la formación de profesionales de las tecnologías nucleares y más recientemente, las ciencias atmosféricas.
En el InSTEC se desarrollan doctorados, maestrías y especialidades, así como diplomados, y otras actividades de posgrado.