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El Ministerio de Ciencia Tecnología y Medio Ambiente (CITMA), asume la misión de elaborar y proponer la estrategia y las políticas científica y tecnológica del país, así como el plan nacional de Ciencia y Tecnología. A su aparato central se integra la Academia de Ciencias, con carácter independiente y consultivo en materia de Ciencia.

A este organismo central del Estado pertenecen con misiones específicas la Agencia de Ciencia y Tecnología, la Agencia de Energía Nuclear, la Agencia de Información para el Desarrollo y la Agencia de Medio Ambiente, integradas a su vez por instituciones científicas, entre las que se destacan:

Agricultura

• Centro de Desarrollo de la Montaña (CDM)
• Centro de Estudios de Desarrollo Agrario y Rural (CEDAR)
• Centro Nacional de Sanidad Agropecuaria (CENSA)
• Estación Central de Investigaciones de Café y Cacao (ECICC)
• Estación Experimental de Pastos y Forrajes Indio Hatuey
• Instituto Cubano de Investigación de Derivados de la Caña de Azúcar (ICIDCA)
• Instituto de Biotecnología de las Plantas (IBP)
• Instituto de Ciencia Animal (ICA)
• Instituto de Investigaciones Avícolas (IIA)
• Instituto de Investigaciones de Sanidad Vegetal (INISAV)
• Instituto de Investigaciones de Viandas Tropicales (INIVIT)
• Instituto de Investigaciones del Tabaco (IIT)
• Instituto de Investigaciones en Fruticultura Tropical (IIFT)
• Instituto de Investigaciones Fundamentales en Agricultura Tropical Alejandro de Humboldt (INIFAT)
• Instituto de Investigaciones Hortícolas Liliana Dimitrova (IIHLD)
• Instituto Nacional de Ciencias Agrícolas (INCA)
• Instituto Cubano de Investigaciones Azucareras (ICINAZ)
• Instituto de Investigaciones Agropecuarias Jorge Dimitrov (IIAJD)

Biotecnología

• Centro de Histoterapia Placentaria (CHP)
• Centro de Ingeniería Genética y Biotecnología (CIGB)
• Centro de Inmunología Molecular (CIM)
• Centro de Química Biomolecular (CQB)
• Centro Nacional de Biopreparados (BIOCEN)
• Centro Nacional de Investigaciones Científicas (CNIC)
• Instituto de Biotecnología de las Plantas (IBP)
• Instituto Finlay

Ciencias de la Información

• Archivo Nacional de la República de Cuba (ARNAC)
• Consultoría BioMundi
• Grupo Empresarial INNOMAX
• Instituto de Información Científica y Tecnológica (IDICT)
• Sociedad Cubana de Ciencias de la Información (SOCICT)

Ciencias de la Tierra y el Espacio

• Centro de Investigación para la Industria Minero Metalúrgica (CIPIMM)
• Centro de Investigaciones Metalúrgicas (CIME)
• Instituto de Geografía Tropical (IGT)
• Instituto de Geofísica y Astronomía
• Instituto de Geología y Paleontología (IGP)
• Red Interamericana de Cítricos (RIAC)

Ciencias del Mar

• Acuario Nacional de Cuba (ANC)
• Centro de Investigaciones Marinas (CIM-UH)
• Centro de Bioproductos Marinos (CEBIMAR)
• Centro Oriental de Ecosistemas y Biodiversidad (BIOECO)
• Centro de Investigaciones Pesqueras (CIP)
• Instituto de Oceanología (IDO)

Ciencias Económicas

• Asociación Nacional de Economistas y Contadores de Cuba (ANEC)
• Asociación de Economistas de América Latina y el Caribe (AEALC)
• Centro de Investigaciones de la Economía Mundial (CIEM)
• Instituto Nacional de Investigaciones Económicas (INIE)
• Ministerio de Finanzas y Precios

Ciencias Exactas

• Centro de Bioactivos Químicos (CBQ)
• Instituto de Cibernética, Matemática y Física (ICIMAF)

Ciencias Meteorológicas

• Estación Lidar Camagüey
• Instituto de Meteorología (INSMET)
• Sociedad Meteorológica de Cuba

Ciencias Sociales

• Centro de Estudios Martianos (CEM)
• Centro de Estudios de África y Medio Oriente (CEAMO)
• Centro de Estudios de América (CEA)
• Centro de Estudios de Asia y Oceanía (CEAO)
• Centro de Estudios Europeos (CEE)
• Centro de Investigaciones Psicológicas y Sociológicas (CIPS)
• Centro Nacional de Derecho de Autor (CENDA)
• Consejo de Ciencias Sociales y Humanísticas de Cuba
• Cubaliteraria
• Instituto de Filosofía (IF)
• Instituto de Literatura y Lingüística (ILL)
• Instituto de Historia de Cuba (IHC)
• Sociedad Cubana de Historia de la Ciencia y la Tecnología

Ecología

• Instituto de Ecología y Sistemática (IES)

Educación

• Centro de Estudios Contables, Financieros y de Seguros (CECOFIS)
• Centro de Estudios de Tecnologías Energéticas Renovables (CETER)
• Centro de Estudios para el Perfeccionamiento de la Educación Superior (CEPES)
• Centro de Intercambio y Referencia sobre Iniciativas Comunitarias (CIERIC)
• Instituto de Investigaciones en Fruticultura Tropical (IIFT)
• Instituto Superior de Tecnologías y Ciencias Aplicadas

Energía

• Agencia de Energía Nuclear y Tecnologías de Avanzada
• Centro de Aplicaciones Tecnológicas y Desarrollo Nuclear (CEADEN)
• Centro de Estudios de Tecnologías Energéticas Renovables (CETER)
• Centro de Estudios Energéticos y de Tecnologías Ambientales (CETA)
• Centro de Gestión de Información y Desarrollo de la Energía (CUBAENERGÍA)
• Centro de Investigaciones de Energía Solar (CIES)
• Centro de Protección e Higiene de las Radiaciones (CPHR)
• Ministerio de la Industria Básica (MINBAS)

Informática

• Casa Consultora DISAIC
• Centro de Bioinformática (BIOINFO)
• COPEXTEL S.A.
• Empresa de Telecomunicaciones de Cuba S.A. (ETECSA)
• Grupo Empresarial INNOMAX
• Empresa de Tecnologías de la Información y Servicios Telemáticos Avanzados (CITMATEL)
• Ministerio de la Informática y las Comunicaciones (MIC)
• TECUN
• Universidad de las Ciencias Informáticas (UCI)

Innovación Tecnológica

• Asociación Nacional de Innovadores y Racionalizadores (ANIR)

Medio Ambiente

• Acuario Nacional de Cuba (ANC)
• Agencia de Medio Ambiente (AMA)
• Centro Nacional de Biodiversidad
• Centro de Información, Gestión y Educación Ambiental
• Centro de Ingeniería Ambiental
• Centro de Investigación para la Industria Minero Metalúrgica (CIPIMM)
• Centro de Investigaciones de Ecosistemas Costeros (CIEC)
• Centro de Investigaciones Marinas
• Centro Nacional de Electromagnetismo Aplicado (CNEA)
• Centro Oriental de Ecosistemas y Biodiversidad (BIOECO)
• Instituto de Ecología y Sistemática (IES)
• Instituto de Geofísica y Astronomía
• Instituto de Geografía Tropical (IGT)
• Instituto de Oceanología (IDO)
• Instituto Nacional de Recursos Hidráulicos (INRH)
• Jardín Botánico Nacional
• Oficina Técnica del Ozono
• Red Solar
• Sistema Nacional de Áreas Protegidas (SNAP)

Salud

• Centro de Aplicaciones Tecnológicas y Desarrollo Nuclear (CEADEN)
• Centro de Biofísica Médica (CBM)
• Centro de Biomateriales (Universidad de La Habana) (BIOMAT)
• Centro de Cibernética Aplicada a la Medicina (CECAM)
• Centro de Histoterapia Placentaria (CHP)
• Centro de Inmunología Molecular (CIM)
• Centro de Investigaciones del Ozono
• Centro de Isótopos (CENTIS)
• Centro de Protección e Higiene de las Radiaciones (CPHR)
• Centro de Química Biomolecular (CQB)
• Centro Internacional de Restauración Neurológica (CIREN)
• Centro Internacional de Retinosis Pigmentaria Camilo Cienfuegos (CIRPCC)
• Centro Nacional Coordinador de Ensayos Clínicos (CENCEC)
• Centro Nacional de Biopreparados (BIOCEN)
• Centro Nacional de Electromagnetismo Aplicado (CNEA)
• Centro Nacional de Investigaciones Científicas (CNIC)
• Centro para el Control Estatal de la Calidad de los Medicamentos (CECMED)
• Centro para el Desarrollo de la Farmacoepidemiología
• Escuela Latinoamericana de Medicina
• Facultad de Ciencias Médicas Comandante Manuel Fajardo
• Instituto de Medicina Tropical Dr. Pedro Kourí (IPK)
• Instituto Central de Investigaciones Digitales (ICID)
• Instituto Nacional de Angiología y Cirugía Vascular (INACV)
• Instituto de Gastroenterología (IGE)
• Instituto de Hematología e Inmunología
• Instituto de Nefrología Dr. Abelardo Buch López (INEF)
• Instituto de Nutrición e Higiene de los Alimentos (INHA)
• Instituto Nacional de Cardiología y Cirugía Cardiovascular (ICCCV)
• Instituto Nacional de Endocrinología (INEN)
• Instituto Nacional de Hematología e Inmunología (IHI)
• Instituto Nacional de Neurología y Neurocirugía (INN)
• Instituto Nacional de Salud de los Trabajadores (INSAT)
• Sociedad Cubana de Cirugía